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Project: tskit (GitHub Link)

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                                                      • api_structure.c
                                                      • error_handling.c
                                                      • tree_traversal.c
                                                      • streaming.c
                                                    • tskit.h
                                                    • dev-tools
                                                      • dev-cli.c
                                                      • argtable3.h
                                                      • argtable3.c
                                                    • .clang-format
                                                    • CHANGELOG.rst
                                                    • tskit
                                                      • convert.c
                                                      • haplotype_matching.h
                                                      • tables.h
                                                      • convert.h
                                                      • stats.h
                                                      • trees.h
                                                      • core.h
                                                      • haplotype_matching.c
                                                      • stats.c
                                                      • trees.c
                                                      • genotypes.h
                                                      • core.c
                                                      • genotypes.c
                                                    • tests
                                                      • testlib.c
                                                      • test_tables.c
                                                      • test_genotypes.c
                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                      • test_core.c
                                                      • meson-subproject
                                                        • example.c
                                                        • meson.build
                                                        • subprojects
                                                          • tskit
                                                            • examples
                                                              • tree_iteration.c
                                                              • Makefile
                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                              • api_structure.c
                                                              • error_handling.c
                                                              • tree_traversal.c
                                                              • streaming.c
                                                            • tskit.h
                                                            • dev-tools
                                                              • dev-cli.c
                                                              • argtable3.h
                                                              • argtable3.c
                                                            • .clang-format
                                                            • CHANGELOG.rst
                                                            • tskit
                                                              • convert.c
                                                              • haplotype_matching.h
                                                              • tables.h
                                                              • convert.h
                                                              • stats.h
                                                              • trees.h
                                                              • core.h
                                                              • haplotype_matching.c
                                                              • stats.c
                                                              • trees.c
                                                              • genotypes.h
                                                              • core.c
                                                              • genotypes.c
                                                            • tests
                                                              • testlib.c
                                                              • test_tables.c
                                                              • test_genotypes.c
                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                              • test_core.c
                                                              • meson-subproject
                                                                • example.c
                                                                • meson.build
                                                                • subprojects
                                                                  • tskit
                                                                    • examples
                                                                      • tree_iteration.c
                                                                      • Makefile
                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                      • api_structure.c
                                                                      • error_handling.c
                                                                      • tree_traversal.c
                                                                      • streaming.c
                                                                    • tskit.h
                                                                    • dev-tools
                                                                      • dev-cli.c
                                                                      • argtable3.h
                                                                      • argtable3.c
                                                                    • .clang-format
                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                    • tskit
                                                                      • convert.c
                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                      • tables.h
                                                                      • convert.h
                                                                      • stats.h
                                                                      • trees.h
                                                                      • core.h
                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                      • stats.c
                                                                      • trees.c
                                                                      • genotypes.h
                                                                      • core.c
                                                                      • genotypes.c
                                                                    • tests
                                                                      • testlib.c
                                                                      • test_tables.c
                                                                      • test_genotypes.c
                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                      • test_core.c
                                                                      • meson-subproject
                                                                        • example.c
                                                                        • meson.build
                                                                        • subprojects
                                                                          • tskit
                                                                            • examples
                                                                              • tree_iteration.c
                                                                              • Makefile
                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                              • api_structure.c
                                                                              • error_handling.c
                                                                              • tree_traversal.c
                                                                              • streaming.c
                                                                            • tskit.h
                                                                            • dev-tools
                                                                              • dev-cli.c
                                                                              • argtable3.h
                                                                              • argtable3.c
                                                                            • .clang-format
                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                            • tskit
                                                                              • convert.c
                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                              • tables.h
                                                                              • convert.h
                                                                              • stats.h
                                                                              • trees.h
                                                                              • core.h
                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                              • stats.c
                                                                              • trees.c
                                                                              • genotypes.h
                                                                              • core.c
                                                                              • genotypes.c
                                                                            • tests
                                                                              • testlib.c
                                                                              • test_tables.c
                                                                              • test_genotypes.c
                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                              • test_core.c
                                                                              • meson-subproject
                                                                                • example.c
                                                                                • meson.build
                                                                                • subprojects
                                                                                  • tskit
                                                                                    • examples
                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                      • Makefile
                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                      • api_structure.c
                                                                                      • error_handling.c
                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                      • streaming.c
                                                                                    • tskit.h
                                                                                    • dev-tools
                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                      • argtable3.h
                                                                                      • argtable3.c
                                                                                    • .clang-format
                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                    • tskit
                                                                                      • convert.c
                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                      • tables.h
                                                                                      • convert.h
                                                                                      • stats.h
                                                                                      • trees.h
                                                                                      • core.h
                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                      • stats.c
                                                                                      • trees.c
                                                                                      • genotypes.h
                                                                                      • core.c
                                                                                      • genotypes.c
                                                                                    • tests
                                                                                      • testlib.c
                                                                                      • test_tables.c
                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                      • test_core.c
                                                                                      • meson-subproject
                                                                                        • example.c
                                                                                        • meson.build
                                                                                        • subprojects
                                                                                          • tskit
                                                                                            • examples
                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                              • Makefile
                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                              • api_structure.c
                                                                                              • error_handling.c
                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                              • streaming.c
                                                                                            • tskit.h
                                                                                            • dev-tools
                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                              • argtable3.h
                                                                                              • argtable3.c
                                                                                            • .clang-format
                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                            • tskit
                                                                                              • convert.c
                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                              • tables.h
                                                                                              • convert.h
                                                                                              • stats.h
                                                                                              • trees.h
                                                                                              • core.h
                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                              • stats.c
                                                                                              • trees.c
                                                                                              • genotypes.h
                                                                                              • core.c
                                                                                              • genotypes.c
                                                                                            • tests
                                                                                              • testlib.c
                                                                                              • test_tables.c
                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                              • test_core.c
                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                • example.c
                                                                                                • meson.build
                                                                                                • subprojects
                                                                                                  • tskit
                                                                                                    • examples
                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                      • Makefile
                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                    • tskit
                                                                                                      • convert.c
                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                      • tables.h
                                                                                                      • convert.h
                                                                                                      • stats.h
                                                                                                      • trees.h
                                                                                                      • core.h
                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                      • stats.c
                                                                                                      • trees.c
                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                      • core.c
                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                    • tests
                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                        • example.c
                                                                                                        • meson.build
                                                                                                        • subprojects
                                                                                                          • tskit
                                                                                                            • examples
                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                              • Makefile
                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                            • tskit
                                                                                                              • convert.c
                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                              • tables.h
                                                                                                              • convert.h
                                                                                                              • stats.h
                                                                                                              • trees.h
                                                                                                              • core.h
                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                              • stats.c
                                                                                                              • trees.c
                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                              • core.c
                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                            • tests
                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                • example.c
                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                    • examples
                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                    • tests
                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                            • examples
                                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                                              • Makefile
                                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                              • convert.c
                                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                                              • tables.h
                                                                                                                              • convert.h
                                                                                                                              • stats.h
                                                                                                                              • trees.h
                                                                                                                              • core.h
                                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                                              • stats.c
                                                                                                                              • trees.c
                                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                                              • core.c
                                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                                            • tests
                                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                                • example.c
                                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                                    • examples
                                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                                    • tests
                                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                                            • examples
                                                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                                                              • Makefile
                                                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                              • convert.c
                                                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                                                              • tables.h
                                                                                                                                              • convert.h
                                                                                                                                              • stats.h
                                                                                                                                              • trees.h
                                                                                                                                              • core.h
                                                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                                                              • stats.c
                                                                                                                                              • trees.c
                                                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                                                              • core.c
                                                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                                                            • tests
                                                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                                                • example.c
                                                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                                                    • examples
                                                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                                                    • tests
                                                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                                                            • examples
                                                                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                                                                              • Makefile
                                                                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                              • convert.c
                                                                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                              • tables.h
                                                                                                                                                              • convert.h
                                                                                                                                                              • stats.h
                                                                                                                                                              • trees.h
                                                                                                                                                              • core.h
                                                                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                              • stats.c
                                                                                                                                                              • trees.c
                                                                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                                                                              • core.c
                                                                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                                                                            • tests
                                                                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                                                                • example.c
                                                                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                                                                    • examples
                                                                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                                                                    • tests
                                                                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                                                                            • examples
                                                                                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                              • Makefile
                                                                                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                              • convert.c
                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                              • tables.h
                                                                                                                                                                              • convert.h
                                                                                                                                                                              • stats.h
                                                                                                                                                                              • trees.h
                                                                                                                                                                              • core.h
                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                              • stats.c
                                                                                                                                                                              • trees.c
                                                                                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                                                                                              • core.c
                                                                                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                                                                                            • tests
                                                                                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                                                                                • example.c
                                                                                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                                                                                    • examples
                                                                                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                                                                                    • tests
                                                                                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                                                                                            • examples
                                                                                                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                              • Makefile
                                                                                                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                              • convert.c
                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                              • tables.h
                                                                                                                                                                                              • convert.h
                                                                                                                                                                                              • stats.h
                                                                                                                                                                                              • trees.h
                                                                                                                                                                                              • core.h
                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                              • stats.c
                                                                                                                                                                                              • trees.c
                                                                                                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                                                                                                              • core.c
                                                                                                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                                                                                                            • tests
                                                                                                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                • example.c
                                                                                                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                                                                                                    • examples
                                                                                                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                    • tests
                                                                                                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                                                                                                            • examples
                                                                                                                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                              • Makefile
                                                                                                                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                              • convert.c
                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                              • tables.h
                                                                                                                                                                                                              • convert.h
                                                                                                                                                                                                              • stats.h
                                                                                                                                                                                                              • trees.h
                                                                                                                                                                                                              • core.h
                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                              • stats.c
                                                                                                                                                                                                              • trees.c
                                                                                                                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                              • core.c
                                                                                                                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                            • tests
                                                                                                                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                • example.c
                                                                                                                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                                                                                                                    • examples
                                                                                                                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                    • tests
                                                                                                                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                                                                                                                            • examples
                                                                                                                                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                              • Makefile
                                                                                                                                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                              • convert.c
                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                              • tables.h
                                                                                                                                                                                                                              • convert.h
                                                                                                                                                                                                                              • stats.h
                                                                                                                                                                                                                              • trees.h
                                                                                                                                                                                                                              • core.h
                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                              • stats.c
                                                                                                                                                                                                                              • trees.c
                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                              • core.c
                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                            • tests
                                                                                                                                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                • example.c
                                                                                                                                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                                                                                                                                    • examples
                                                                                                                                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                    • tests
                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                                                                                                                                            • examples
                                                                                                                                                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                              • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                                              • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                              • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                              • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                              • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                              • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                              • core.h
                                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                              • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                              • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                              • core.c
                                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                            • tests
                                                                                                                                                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                    • examples
                                                                                                                                                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                    • tests
                                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                            • examples
                                                                                                                                                                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                              • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                              • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                              • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                              • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                              • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                              • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                              • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                            • tests
                                                                                                                                                                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                    • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                    • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                            • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                              • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                              • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                              • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                              • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                              • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                              • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                              • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                            • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                            • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                            • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                              • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                            • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                            • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                              • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                            • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                            • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                                              • kastore
                                                                                                                                                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                            • meson.build
                                                                                                                                                                                                                            • subprojects
                                                                                                                                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                              • kastore
                                                                                                                                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                            • meson.build
                                                                                                                                                                                                            • subprojects
                                                                                                                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                              • kastore
                                                                                                                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                            • meson.build
                                                                                                                                                                                            • subprojects
                                                                                                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                              • kastore
                                                                                                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                                                                                            • meson.build
                                                                                                                                                                            • subprojects
                                                                                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                              • kastore
                                                                                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                                                                            • meson.build
                                                                                                                                                            • subprojects
                                                                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                              • kastore
                                                                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                                                            • meson.build
                                                                                                                                            • subprojects
                                                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                              • kastore
                                                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                                            • meson.build
                                                                                                                            • subprojects
                                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                              • kastore
                                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                                    • meson.build
                                                                                                                    • subprojects
                                                                                                                      • full-projects
                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                      • kastore
                                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                                  • kastore
                                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                                              • old_tests.c
                                                                                                              • testlib.h
                                                                                                              • test_stats.c
                                                                                                              • test_convert.c
                                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                                            • meson.build
                                                                                                            • subprojects
                                                                                                              • full-projects
                                                                                                                • kastore
                                                                                                              • kastore
                                                                                                            • .gitignore
                                                                                                          • kastore
                                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                                      • old_tests.c
                                                                                                      • testlib.h
                                                                                                      • test_stats.c
                                                                                                      • test_convert.c
                                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                                    • meson.build
                                                                                                    • subprojects
                                                                                                      • full-projects
                                                                                                        • kastore
                                                                                                      • kastore
                                                                                                    • .gitignore
                                                                                                  • kastore
                                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                                              • old_tests.c
                                                                                              • testlib.h
                                                                                              • test_stats.c
                                                                                              • test_convert.c
                                                                                              • test_file_format.c
                                                                                            • meson.build
                                                                                            • subprojects
                                                                                              • full-projects
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                                                                                            • .gitignore
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                                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                                      • old_tests.c
                                                                                      • testlib.h
                                                                                      • test_stats.c
                                                                                      • test_convert.c
                                                                                      • test_file_format.c
                                                                                    • meson.build
                                                                                    • subprojects
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                                                                                    • .gitignore
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                                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                                              • old_tests.c
                                                                              • testlib.h
                                                                              • test_stats.c
                                                                              • test_convert.c
                                                                              • test_file_format.c
                                                                            • meson.build
                                                                            • subprojects
                                                                              • full-projects
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                                                                            • .gitignore
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                                                                      • test_haplotype_matching.c
                                                                      • old_tests.c
                                                                      • testlib.h
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                                                                      • test_file_format.c
                                                                    • meson.build
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                                                              • test_haplotype_matching.c
                                                              • old_tests.c
                                                              • testlib.h
                                                              • test_stats.c
                                                              • test_convert.c
                                                              • test_file_format.c
                                                            • meson.build
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                                        • tree_iteration.c
                                        • Makefile
                                        • haploid_wright_fisher.c
                                        • api_structure.c
                                        • error_handling.c
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                                        • dev-cli.c
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                                      • .clang-format
                                      • CHANGELOG.rst
                                      • tskit
                                        • convert.c
                                        • haplotype_matching.h
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                                        • convert.h
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                                          • subprojects
                                            • tskit
                                              • examples
                                                • tree_iteration.c
                                                • Makefile
                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                • api_structure.c
                                                • error_handling.c
                                                • tree_traversal.c
                                                • streaming.c
                                              • tskit.h
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                                                • dev-cli.c
                                                • argtable3.h
                                                • argtable3.c
                                              • .clang-format
                                              • CHANGELOG.rst
                                              • tskit
                                                • convert.c
                                                • haplotype_matching.h
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                                                • convert.h
                                                • stats.h
                                                • trees.h
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                                                  • example.c
                                                  • meson.build
                                                  • subprojects
                                                    • tskit
                                                      • examples
                                                        • tree_iteration.c
                                                        • Makefile
                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                        • api_structure.c
                                                        • error_handling.c
                                                        • tree_traversal.c
                                                        • streaming.c
                                                      • tskit.h
                                                      • dev-tools
                                                        • dev-cli.c
                                                        • argtable3.h
                                                        • argtable3.c
                                                      • .clang-format
                                                      • CHANGELOG.rst
                                                      • tskit
                                                        • convert.c
                                                        • haplotype_matching.h
                                                        • tables.h
                                                        • convert.h
                                                        • stats.h
                                                        • trees.h
                                                        • core.h
                                                        • haplotype_matching.c
                                                        • stats.c
                                                        • trees.c
                                                        • genotypes.h
                                                        • core.c
                                                        • genotypes.c
                                                      • tests
                                                        • testlib.c
                                                        • test_tables.c
                                                        • test_genotypes.c
                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                        • test_core.c
                                                        • meson-subproject
                                                          • example.c
                                                          • meson.build
                                                          • subprojects
                                                            • tskit
                                                              • examples
                                                                • tree_iteration.c
                                                                • Makefile
                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                • api_structure.c
                                                                • error_handling.c
                                                                • tree_traversal.c
                                                                • streaming.c
                                                              • tskit.h
                                                              • dev-tools
                                                                • dev-cli.c
                                                                • argtable3.h
                                                                • argtable3.c
                                                              • .clang-format
                                                              • CHANGELOG.rst
                                                              • tskit
                                                                • convert.c
                                                                • haplotype_matching.h
                                                                • tables.h
                                                                • convert.h
                                                                • stats.h
                                                                • trees.h
                                                                • core.h
                                                                • haplotype_matching.c
                                                                • stats.c
                                                                • trees.c
                                                                • genotypes.h
                                                                • core.c
                                                                • genotypes.c
                                                              • tests
                                                                • testlib.c
                                                                • test_tables.c
                                                                • test_genotypes.c
                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                • test_core.c
                                                                • meson-subproject
                                                                  • example.c
                                                                  • meson.build
                                                                  • subprojects
                                                                    • tskit
                                                                      • examples
                                                                        • tree_iteration.c
                                                                        • Makefile
                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                        • api_structure.c
                                                                        • error_handling.c
                                                                        • tree_traversal.c
                                                                        • streaming.c
                                                                      • tskit.h
                                                                      • dev-tools
                                                                        • dev-cli.c
                                                                        • argtable3.h
                                                                        • argtable3.c
                                                                      • .clang-format
                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                      • tskit
                                                                        • convert.c
                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                        • tables.h
                                                                        • convert.h
                                                                        • stats.h
                                                                        • trees.h
                                                                        • core.h
                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                        • stats.c
                                                                        • trees.c
                                                                        • genotypes.h
                                                                        • core.c
                                                                        • genotypes.c
                                                                      • tests
                                                                        • testlib.c
                                                                        • test_tables.c
                                                                        • test_genotypes.c
                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                        • test_core.c
                                                                        • meson-subproject
                                                                          • example.c
                                                                          • meson.build
                                                                          • subprojects
                                                                            • tskit
                                                                              • examples
                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                • Makefile
                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                • api_structure.c
                                                                                • error_handling.c
                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                • streaming.c
                                                                              • tskit.h
                                                                              • dev-tools
                                                                                • dev-cli.c
                                                                                • argtable3.h
                                                                                • argtable3.c
                                                                              • .clang-format
                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                              • tskit
                                                                                • convert.c
                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                • tables.h
                                                                                • convert.h
                                                                                • stats.h
                                                                                • trees.h
                                                                                • core.h
                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                • stats.c
                                                                                • trees.c
                                                                                • genotypes.h
                                                                                • core.c
                                                                                • genotypes.c
                                                                              • tests
                                                                                • testlib.c
                                                                                • test_tables.c
                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                • test_core.c
                                                                                • meson-subproject
                                                                                  • example.c
                                                                                  • meson.build
                                                                                  • subprojects
                                                                                    • tskit
                                                                                      • examples
                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                        • Makefile
                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                        • api_structure.c
                                                                                        • error_handling.c
                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                        • streaming.c
                                                                                      • tskit.h
                                                                                      • dev-tools
                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                        • argtable3.h
                                                                                        • argtable3.c
                                                                                      • .clang-format
                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                      • tskit
                                                                                        • convert.c
                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                        • tables.h
                                                                                        • convert.h
                                                                                        • stats.h
                                                                                        • trees.h
                                                                                        • core.h
                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                        • stats.c
                                                                                        • trees.c
                                                                                        • genotypes.h
                                                                                        • core.c
                                                                                        • genotypes.c
                                                                                      • tests
                                                                                        • testlib.c
                                                                                        • test_tables.c
                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                        • test_core.c
                                                                                        • meson-subproject
                                                                                          • example.c
                                                                                          • meson.build
                                                                                          • subprojects
                                                                                            • tskit
                                                                                              • examples
                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                • Makefile
                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                • streaming.c
                                                                                              • tskit.h
                                                                                              • dev-tools
                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                • argtable3.c
                                                                                              • .clang-format
                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                              • tskit
                                                                                                • convert.c
                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                • tables.h
                                                                                                • convert.h
                                                                                                • stats.h
                                                                                                • trees.h
                                                                                                • core.h
                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                • stats.c
                                                                                                • trees.c
                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                • core.c
                                                                                                • genotypes.c
                                                                                              • tests
                                                                                                • testlib.c
                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                • test_core.c
                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                  • example.c
                                                                                                  • meson.build
                                                                                                  • subprojects
                                                                                                    • tskit
                                                                                                      • examples
                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                        • Makefile
                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                      • tskit
                                                                                                        • convert.c
                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                        • tables.h
                                                                                                        • convert.h
                                                                                                        • stats.h
                                                                                                        • trees.h
                                                                                                        • core.h
                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                        • stats.c
                                                                                                        • trees.c
                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                        • core.c
                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                      • tests
                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                          • example.c
                                                                                                          • meson.build
                                                                                                          • subprojects
                                                                                                            • tskit
                                                                                                              • examples
                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                              • tskit
                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                • core.h
                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                • core.c
                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                              • tests
                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                      • examples
                                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                                        • Makefile
                                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                                      • tskit
                                                                                                                        • convert.c
                                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                                        • tables.h
                                                                                                                        • convert.h
                                                                                                                        • stats.h
                                                                                                                        • trees.h
                                                                                                                        • core.h
                                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                                        • stats.c
                                                                                                                        • trees.c
                                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                                        • core.c
                                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                                      • tests
                                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                                          • example.c
                                                                                                                          • meson.build
                                                                                                                          • subprojects
                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                              • examples
                                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                                              • tskit
                                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                                • core.h
                                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                                • core.c
                                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                                              • tests
                                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                      • examples
                                                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                                                        • Makefile
                                                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                      • tskit
                                                                                                                                        • convert.c
                                                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                                                        • tables.h
                                                                                                                                        • convert.h
                                                                                                                                        • stats.h
                                                                                                                                        • trees.h
                                                                                                                                        • core.h
                                                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                                                        • stats.c
                                                                                                                                        • trees.c
                                                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                                                        • core.c
                                                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                                                      • tests
                                                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                                                          • example.c
                                                                                                                                          • meson.build
                                                                                                                                          • subprojects
                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                              • examples
                                                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                              • tskit
                                                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                                                • core.h
                                                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                                                • core.c
                                                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                                                              • tests
                                                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                      • examples
                                                                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                                                                        • Makefile
                                                                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                      • tskit
                                                                                                                                                        • convert.c
                                                                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                        • tables.h
                                                                                                                                                        • convert.h
                                                                                                                                                        • stats.h
                                                                                                                                                        • trees.h
                                                                                                                                                        • core.h
                                                                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                        • stats.c
                                                                                                                                                        • trees.c
                                                                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                                                                        • core.c
                                                                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                                                                      • tests
                                                                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                                                                          • example.c
                                                                                                                                                          • meson.build
                                                                                                                                                          • subprojects
                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                              • examples
                                                                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                              • tskit
                                                                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                                                                • core.h
                                                                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                                                                • core.c
                                                                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                                                                              • tests
                                                                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                      • examples
                                                                                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                        • Makefile
                                                                                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                      • tskit
                                                                                                                                                                        • convert.c
                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                        • tables.h
                                                                                                                                                                        • convert.h
                                                                                                                                                                        • stats.h
                                                                                                                                                                        • trees.h
                                                                                                                                                                        • core.h
                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                        • stats.c
                                                                                                                                                                        • trees.c
                                                                                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                                                                                        • core.c
                                                                                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                                                                                      • tests
                                                                                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                                                                                          • example.c
                                                                                                                                                                          • meson.build
                                                                                                                                                                          • subprojects
                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                              • examples
                                                                                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                              • tskit
                                                                                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                                                                                • core.h
                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                                                                                • core.c
                                                                                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                                                                                              • tests
                                                                                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                      • examples
                                                                                                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                        • Makefile
                                                                                                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                      • tskit
                                                                                                                                                                                        • convert.c
                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                        • tables.h
                                                                                                                                                                                        • convert.h
                                                                                                                                                                                        • stats.h
                                                                                                                                                                                        • trees.h
                                                                                                                                                                                        • core.h
                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                        • stats.c
                                                                                                                                                                                        • trees.c
                                                                                                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                                                                                                        • core.c
                                                                                                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                                                                                                      • tests
                                                                                                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                                                                                                          • example.c
                                                                                                                                                                                          • meson.build
                                                                                                                                                                                          • subprojects
                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                              • examples
                                                                                                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                              • tskit
                                                                                                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                                                                                                • core.h
                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                • core.c
                                                                                                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                                                                                                              • tests
                                                                                                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                      • examples
                                                                                                                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                        • Makefile
                                                                                                                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                      • tskit
                                                                                                                                                                                                        • convert.c
                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                        • tables.h
                                                                                                                                                                                                        • convert.h
                                                                                                                                                                                                        • stats.h
                                                                                                                                                                                                        • trees.h
                                                                                                                                                                                                        • core.h
                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                        • stats.c
                                                                                                                                                                                                        • trees.c
                                                                                                                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                        • core.c
                                                                                                                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                      • tests
                                                                                                                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                          • example.c
                                                                                                                                                                                                          • meson.build
                                                                                                                                                                                                          • subprojects
                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                              • examples
                                                                                                                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                              • tskit
                                                                                                                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                                                                                                                • core.h
                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                • core.c
                                                                                                                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                              • tests
                                                                                                                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                      • examples
                                                                                                                                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                        • Makefile
                                                                                                                                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                      • tskit
                                                                                                                                                                                                                        • convert.c
                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                        • tables.h
                                                                                                                                                                                                                        • convert.h
                                                                                                                                                                                                                        • stats.h
                                                                                                                                                                                                                        • trees.h
                                                                                                                                                                                                                        • core.h
                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                        • stats.c
                                                                                                                                                                                                                        • trees.c
                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                        • core.c
                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                      • tests
                                                                                                                                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                          • example.c
                                                                                                                                                                                                                          • meson.build
                                                                                                                                                                                                                          • subprojects
                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                              • examples
                                                                                                                                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                              • tskit
                                                                                                                                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                • core.h
                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                • core.c
                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                              • tests
                                                                                                                                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                      • examples
                                                                                                                                                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                        • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                      • tskit
                                                                                                                                                                                                                                        • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                        • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                        • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                        • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                        • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                        • core.h
                                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                        • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                        • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                        • core.c
                                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                      • tests
                                                                                                                                                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                          • example.c
                                                                                                                                                                                                                                          • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                          • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                                              • examples
                                                                                                                                                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                              • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                              • tests
                                                                                                                                                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                      • examples
                                                                                                                                                                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                      • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                        • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                        • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                        • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                        • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                        • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                        • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                        • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • tests
                                                                                                                                                                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                          • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                          • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                          • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                              • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                              • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                      • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                      • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                        • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                        • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                        • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                        • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                        • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                        • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                        • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                          • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                          • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                          • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                              • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                              • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                          • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                          • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                          • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • examples
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • tree_iteration.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • Makefile
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • haploid_wright_fisher.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • api_structure.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • error_handling.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • tree_traversal.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • streaming.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tskit.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • dev-tools
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • dev-cli.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • argtable3.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • .clang-format
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • CHANGELOG.rst
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • tables.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • convert.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • stats.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • trees.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • core.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • trees.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • tests
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • testlib.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_tables.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_genotypes.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_minimal_cpp.cpp
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_core.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • meson-subproject
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • example.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • tskit
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                            • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                              • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                            • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                                      • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                                      • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                        • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                              • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                            • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                                      • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                                      • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                        • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                              • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                            • kastore
                                                                                                                                                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                                      • meson.build
                                                                                                                                                                                                                                      • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                        • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                              • meson.build
                                                                                                                                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                            • kastore
                                                                                                                                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                                      • meson.build
                                                                                                                                                                                                                      • subprojects
                                                                                                                                                                                                                        • full-projects
                                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                              • meson.build
                                                                                                                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                                                                                                                            • kastore
                                                                                                                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                                      • meson.build
                                                                                                                                                                                                      • subprojects
                                                                                                                                                                                                        • full-projects
                                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                              • meson.build
                                                                                                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                                                                                                            • kastore
                                                                                                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                                                                                                      • meson.build
                                                                                                                                                                                      • subprojects
                                                                                                                                                                                        • full-projects
                                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                                                                                              • meson.build
                                                                                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                                                                                            • kastore
                                                                                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                                                                                      • meson.build
                                                                                                                                                                      • subprojects
                                                                                                                                                                        • full-projects
                                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                                                                              • meson.build
                                                                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                                                                            • kastore
                                                                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                                                                      • meson.build
                                                                                                                                                      • subprojects
                                                                                                                                                        • full-projects
                                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                                                              • meson.build
                                                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                                                            • kastore
                                                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                                                      • meson.build
                                                                                                                                      • subprojects
                                                                                                                                        • full-projects
                                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                                              • meson.build
                                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                                • kastore
                                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                                            • kastore
                                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                                      • meson.build
                                                                                                                      • subprojects
                                                                                                                        • full-projects
                                                                                                                          • kastore
                                                                                                                        • kastore
                                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                                    • kastore
                                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                                • testlib.h
                                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                                              • meson.build
                                                                                                              • subprojects
                                                                                                                • full-projects
                                                                                                                  • kastore
                                                                                                                • kastore
                                                                                                              • .gitignore
                                                                                                            • kastore
                                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                                        • old_tests.c
                                                                                                        • testlib.h
                                                                                                        • test_stats.c
                                                                                                        • test_convert.c
                                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                                      • meson.build
                                                                                                      • subprojects
                                                                                                        • full-projects
                                                                                                          • kastore
                                                                                                        • kastore
                                                                                                      • .gitignore
                                                                                                    • kastore
                                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                                • old_tests.c
                                                                                                • testlib.h
                                                                                                • test_stats.c
                                                                                                • test_convert.c
                                                                                                • test_file_format.c
                                                                                              • meson.build
                                                                                              • subprojects
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                                                                                              • .gitignore
                                                                                            • kastore
                                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                                        • old_tests.c
                                                                                        • testlib.h
                                                                                        • test_stats.c
                                                                                        • test_convert.c
                                                                                        • test_file_format.c
                                                                                      • meson.build
                                                                                      • subprojects
                                                                                        • full-projects
                                                                                          • kastore
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                                                                                      • .gitignore
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                                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                                • old_tests.c
                                                                                • testlib.h
                                                                                • test_stats.c
                                                                                • test_convert.c
                                                                                • test_file_format.c
                                                                              • meson.build
                                                                              • subprojects
                                                                                • full-projects
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                                                                              • .gitignore
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                                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                                        • old_tests.c
                                                                        • testlib.h
                                                                        • test_stats.c
                                                                        • test_convert.c
                                                                        • test_file_format.c
                                                                      • meson.build
                                                                      • subprojects
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                                                                    • kastore
                                                                • test_haplotype_matching.c
                                                                • old_tests.c
                                                                • testlib.h
                                                                • test_stats.c
                                                                • test_convert.c
                                                                • test_file_format.c
                                                              • meson.build
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                                                        • test_haplotype_matching.c
                                                        • old_tests.c
                                                        • testlib.h
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